Podobnie, jak klimatyzacja w budynkach, układ klimatyzacji stosowany w samochodach wymaga okresowych przeglądów oraz ewentualnych napraw. Urządzenia oraz przewody powietrzne składające się na układ klimatyzacji pojazdu pracują w bardzo trudnych warunkach i są narażone na uszkodzenia, których zapewne udałoby się uniknąć zachowując podstawowe zasady ich użytkowania. Utrzymanie w dobrym stanie technicznym urządzeń układu klimatyzacji oraz jej czystości wpływa na bezawaryjne działanie układu oraz nie jest szkodliwe dla zdrowia pasażerów samochodu.
Zaleca się, aby przeglądu układu klimatyzacji w samochodzie dokonywać w wyspecjalizowanym warsztacie, co najmniej raz w roku, bezpośrednio przed lub po sezoneie. Jeżeli jednak, nie przeprowadzano systematycznie tych czynności, to wydobywający się z układu nieprzyjemny zapach powinien być sygnałem do wykonania przeglądu. Ponadto przyczyną nieprawidłowej pracy mogą być ubytki czynnika z powodu starzenia się uszczelek. Również nawet niewielkie kolizje samochodu mogą być przyczyną powstania nieszczelności. W czasie przeglądu tego typu nieszczelności powinny zostać zlokalizowane oraz usunięte.
W czasie przeglądu klimatyzacji kontroluje się prawidłowość pracy układu, sprawdza się ciśnienie oraz przepływ powietrza, instalację elektryczną, a także poszukuje się uszkodzeń mechanicznych. Raz w roku lub co 15000 km wymienia się filtr kabinowy. Po tym czasie lub przebiegu filtr może być w takim stopniu zanieczyszczony, że praktycznie zablokuje dopływ świeżego powietrza z zewnątrz pojazdu. Wiąże się z tym również przeciążenie silnika dmuchawy, w tym wypadku możliwe jest jego zniszczenie. O zatkaniu filtra może świadczyć nieprzyjemny zapach wydobywający się z układu oraz zaparowane szyby w samochodzie. Zaleca się również w tym czasie przeprowadzić dezynfekcję układu. W razie potrzeby uzupełnia się czynnik chłodniczy oraz olej. Co dwa lata dokonuje się wymiany filtra osuszacza. Filtr ten jest ważnym elementem układu klimatyzacji. Wychwytuje on wilgoć, dzięki czemu zabezpiecza układ przed korozją, a także skraplacz i sprężarkę przed uszkodzeniem.
Zanieczyszczony filtr kabinowy oraz przewody powietrzne są powodem nieprzyjemnego zapachu wydobywającego się z układu klimatyzacji. Aby temu przeciwdziałać należy systematycznie wymieniać filtr oraz dezynfekować drogę, którą pokonuje powietrze do kabiny. Powietrze przechodzące przez miejsca, gdzie znajdują się grzyby oraz mikroorganizmy, zostaje skażone, a oddychanie nim może powodować alergie oraz zapalenie dróg oddechowych. Tak więc zapach jest tylko sygnałem zanieczyszczenia powietrza, natomiast oddychanie takim powietrzem jest niebezpieczne dla zdrowia ludzi. Z tego powodu tak ważne jest dbanie o czystość układu klimatyzacyjnego pojazdu.
Klimatyzacja samochodowa stosowana jest głównie w okresie, gdy na zewnątrz panują wysokie temperatury. W pozostałej części roku, również należy pamiętać, że pojazd wyposażony jest w klimatyzację. Zaleca się, aby przynajmniej raz w tygodniu, uruchamiać klimatyzację na ok. 15 minut. Ponieważ smarowanie sprężarki następuje tylko w czasie pracy klimatyzacji, jej okresowa praca nawilża uszczelki oraz smaruje łożyska, a to zabezpiecza urządzenie przed pracą “na sucho”. Konsekwencją pracy w takich warunkach może być uszkodzenie lub zniszczenie sprężarki.